Para el Torneo Apertura 2005, Alianza contrató al entrenador argentino Rubén Darío Insúa. En el 2006, de la mano del entrenador uruguayo Gerardo Pelusso, Alianza Lima logró el Torneo Apertura. Luego de jugadas catorce fechas del Apertura, con 15 puntos en la tabla de posiciones y ubicado en la séptima casilla, Insúa dimitió al puesto de Director Técnico de Alianza Lima. También es el jugador más veterano en anotar 50 puntos en la historia de la Liga. Después de unos malos resultados en Copa Libertadores y en la Liga 1, Salas fue despedido, y la directiva colocó a Daniel Ahmed como entrenador del primer equipo. A diferencia de las dos campañas anteriores, el equipo aliancista clasificó a la Copa Libertadores al ganar su grupo respectivo. Cienciano consiguió una victoria por la mínima diferencia en Cusco y Alianza lo derrotó 3:1 en Lima, lo que significó la corona número 22 en la historia del club de la mano de los chilenos Rodrigo Pérez y Fernando Martel. Lamentablemente para sus intereses, Alianza terminó cuarto por diferencia de goles con Cienciano que terminó tercero.
Sin embargo, hubo una caída de rendimiento por parte del equipo y finalmente Cienciano resultó ser campeón, por lo que Alianza volvió a jugar un nuevo Play Off, tal como en el año del centenario, frente al cuadro incaico. No obstante, por el bajo rendimiento y los malos resultados (antepenúltima posición con 9 puntos en ocho encuentros disputados), fue cesado del cargo el 30 de marzo. El rendimiento del equipo bajo la batuta de Valencia no mejoró mucho, poniendo su cargo a disposición. Wilmar Valencia fue contratado como entrenador por la nueva Comisión de Fútbol. Los malos resultados se sucedieron y el técnico Wilmar Valencia se vio obligado a renunciar. Los malos resultados continuaron bajo su dirección técnica, lo que desembarcó en la contratación del entrenador venezolano Richard Páez, quien dirigió a los blanquiazules hasta la fecha 23 del Torneo Clausura. En la segunda mitad del año, todo pareció indicar que Alianza conseguiría el Clausura y por consiguiente, el campeonato nacional.
En el 2016, para conseguir el título nacional se debía quedar entre los 4 primeros para disputar la liguilla final, sin embargo, quedó a 3 puntos del cuarto lugar, que fue ocupado por Deportivo Municipal. De esta forma, acabó a 14 puntos del líder del grupo impar, la Universidad de San Martín. LeBron fue el jugador más joven en llegar a los 1.000 puntos (actualmente este récord llega hasta los 25.000 puntos). La joven estrella seguirá en los Kings cinco años más por los que cobrará 163 millones de dólares. El 25 de mayo de 2001 River Plate festejó sus 100 años de existencia con una marcha desde el obelisco hasta el Monumental, llamada Caravana Monumental, y un amistoso ante Peñarol de Uruguay. Ante un pedido de la dirigencia, José Soto decidió volver a dirigir a Alianza Lima en el tramo final del torneo. El nuevo objetivo de Alianza Lima era entonces obtener el cupo como Perú 3 a la Copa Libertadores 2011. En las últimas fechas del Descentralizado disputó dicha clasificación con su eterno rival, camisetas nba brooklyn nets Universitario. Las partidas de sus principales figuras en la Libertadores como Wilmer Aguirre y José Carlos Fernández, hicieron que el equipo perdiera terreno en su lucha por el título nacional, el cual mantuvo su formato del año anterior.
En el ámbito internacional, Alianza cumplió una nefasta campaña en la Copa Libertadores en la que desafortunadamente no logró conseguir punto alguno. En el ámbito de la llamada música chicha (género musical producto de la fusión entre miniatura, huayno y ritmos tropicales), su mayor exponente, Lorenzo Palacios Quispe, conocido en el ambiente artístico como «Chacalón», era un acérrimo hincha aliancista. En 1984, Michael Jordan empezó a jugar en la NBA, provocando un mayor interés en la liga. Si hubo alguien que aprovechó la ausencia temporal de Michael Jordan en la liga entre 1993 y 1995, ese fue Hakeem Olajuwon y sus Houston Rockets. Su juego, personalidad y su nivel mediático le convirtieron antes de llegar a la NBA, en uno de los iconos de la liga. Durante ese periodo, Minneapolis Lakers, liderados por el pívot George Mikan, ganó cinco anillos, estableciendo la primera dinastía en la historia de la liga. A mediados del año 2013, Newell’s Old Boys obtuvo el «Torneo Final 2013» siendo este el sexto logro obtenido en torneos nacionales de liga. El campeonato rosarino de primera división recibiría el nombre de «Torneo Gobernador Luciano Molinas», en honor al por entonces Gobernador de la provincia de Santa Fe, Luciano Molinas, y reemplazaría a la Copa Nicasio Vila.
Al término de las 44 fechas regulares, Alianza obtuvo el pase a la primera fase de la Libertadores, relegando a Universitario a la Copa Sudamericana. Luego, al llegar a la segunda parte del campeonato, los equipos fueron separados en dos grupos de ocho según su posición final: los que terminaron en las posiciones pares fueron a un grupo y los impares a otro. Nesta segunda-feira, ele deve se despedir do grupo de jogadores no Beira-Rio e entregar o comando de forma provisória para o interino Guto Ferreira. Su reemplazante, de forma interina, fue el exjugador y capitán aliancista José Soto Gómez. En Santiago, el cuadro aliancista consolidaba su acceso a cuartos de final al ganar 1:2 en el estadio de Colo-Colo. Cuadro lunes en . Así, con el resultado final de 2:2, el cuadro grone se resignó a quedar entre los 16 mejores equipos de América. El resultado final del Play Off fue un empate, por lo que se llegó a la tanda de los penales. En esa instancia enfrentó a la Universidad de Chile, quien ganó en Lima por el resultado de 0:1 en el partido de ida.
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