De ahí en ese entonces, Godoy Cruz no volvió a jugar la segunda división hasta la fecha. Además de los jugadores nombrados anteriormente, fueron parte de ese plantel Claudio Alejandro Bengolea, Gustavo Lillo, Diego Astudillo, Marcelo Daniel Suárez, Gustavo Daine, Martín Puppato, Sergio Rodríguez, Gustavo Cando, Alejandro Cubertino, Enrique Dierna, Carlos Riquelme y Pablo Hloska. Nota: en negrita jugadores parte de la última convocatoria en la correspondiente categoría. Además de los jugadores nombrados anteriormente, también fueron parte de ese ascenso Cristian Aracena, Benjamín Carabajal, Pablo Paez, Enzo Cappa, Javier Castro, Alejandro Abaurre, Julio Mugnaini, David Fernández, Cristian Ruiz, y Lucas Javier Martínez. El 3 de noviembre de 2009, luego de un breve interinato de Daniel Oldrá, se designa a Enzo Trossero como sucesor de Diego Cocca. Tras las malas actuaciones del equipo bajo su mando y ya consumado el «Apertura 2009» la Comisión Directiva del club decide despedir a Enzo Trossero.
37 puntos —que lo posicionan como el club indirectamente afiliado a la AFA con más puntos en un torneo corto—. A pesar de haber hecho una buena campaña, el Tomba estaba obligado a conseguir una buena cantidad de puntos en la «Temporada 2013/14» para permanecer en la categoría. Atrás quedan numerosas asistencias, triples, robos y, sobre todo, récords en su haber. Finalizando la temporada, Godoy Cruz juega por quinta vez el «Torneo Reducido», camiseta adidas brooklyn nets cayendo ante Arsenal de Sarandí en ‹Octavos›. 1998/99: en la ‹Zona del Interior› termina 14º con 30 unidades, volviendo a quedar a una unidad del descenso, pero clasificando al «Torneo Reducido» en donde quedó eliminado por penales ante Cipolletti en ‹Primera Ronda›. 1997/98: en la ‹Zona del Interior› termina 9º con 42 unidades, llegando a jugar la ‹Zona Permanencia› del Interior para no perder la categoría, finaliza 5º con 14 unidades, quedó a un solo punto del descenso.
2000/01: en la ‹Zona del Interior› terminó 9º con 44 unidades. Godoy Cruz se puso en ventaja gracias al gol de Mariano Torresi, después el empate del local lo convirtió Federico Higuaín. Disputa sus encuentros como local en el Estadio Norberto Tomás, ubicado en Ángel Brunel 17 (a ocho cuadras del centro de la ciudad). Para ello la directiva decidió retirar al club de la competición local y concentrarse únicamente en la conformación del seleccionado. 120, SE NECESITA dependiente, de respainsabiltd&d para tienda de ventas de ma- dera preferible que sea entendido en ello Esa. También dijo que «no necesitamos decir más, sino encontrar una manera de lograr más. Protestar durante un himno o usar camisetas, es genial, pero necesitamos ver cómo se ponen en práctica acciones reales». Juan Peñas, que comenzó la temporada como jugador, se hace cargo del equipo de manera interina. En el inicio de la temporada 2016, Godoy Cruz realizó un gran primer semestre aprovechando un torneo corto que se jugó por 2 zonas de 15 equipos cada uno.
Con Erving, conocido como «Dr. J,» los Nets lograron un equipo competitivo, terminando la temporada con un récord de 55 victorias. Dabove logró una identidad de juego, de los 16 partidos jugados en el semestre, ganó 12, empató 3 y perdió solo uno, en medio de esta campaña, Godoy Cruz logró un récord de 6 victorias consecutivas. Debido a los numerosos conflictos que sufrió el equipo durante ese semestre, logró alcanzar nada más que 16 puntos, lo cual ponía en riesgo la permanencia en primera nuevamente. ↑ Cabe destacar que el futbolista hispano-venezolano Jeffrén Suárez consiguió títulos con el F.C. 1.3 Manchester United F.C. El 8 de agosto, el Manchester United perdió 2:1 contra el Real Madrid por la Supercopa de Europa, en un partido que Romero no jugó. AFA —luego de que Talleres de Córdoba disputara la edición del «2002»—, camisetas de baloncesto y el primer equipo mendocino en lograrlo. El partido es particularmente conocido por la pasión de los seguidores del Estrella Roja, llamados Delije, y los partidarios del Partizán, los Grobari («sepultureros»). La base de seguidores de Iverson también se atribuyó a la popularidad de Reebok Question Mid.
El base de los Raptors fue el primer español que mostró su parecer en Twitter. Eso hizo que Omar Asad volviera a dirigir a un Godoy Cruz obligado a hacer una buena campaña en la temporada siguiente, para no complicarse con los promedios. La temporada inicial finalizaría con un honroso segundo puesto, escoltando al multicampeón Alumni Athletic Club y recibiendo el reconocimiento del público por ser el equipo de mayor crecimiento en lo reciente. En el año 2003 se conmemoraron los 100 años del Club Atlético Newell’s Old Boys. Atlético Nacional en la fase de grupos. Y así con el «Polilla» Jorge Da Silva en la conducción, se ha realizó una muy digna «Copa Libertadores 2011», no pasando de fase por solo dos puntos. Godoy Cruz, logrando con el equipo la histórica clasificación a ‹octavos de final› de la «Copa Libertadores», aunque el rendimiento del equipo no fue convincente. Los primeros años fueron muy positivos, logrando la clasificación al «Torneo Reducido» en tres oportunidades consecutivas; pero también estuvo cerca de descender, aunque ese riesgo no pasó a mayores.